Stichting Landgoed Windesheim wordt bestuurd door drie personen. De volgende drie instanties/instellingen hebben het recht een bestuurslid te benoemen:
- het bestuur van de vereniging Federatie Particulier Grondbezit, gevestigd te Zeist (www.grondbezit.nl)
- de kerkvoogdij van de Hervormde Gemeente Windesheim, gevestigd te Zwolle (www.hervormdwindesheim.nl)
- het bestuur van Stichting Behoud Natuur en Landelijk gebied, gevestigd te Amersfoort, kantoorhoudende Wijk bij Duurstede (www.sbnlnatuurfonds.nl)
Fleur van Heek
Fleur is sinds de oprichting vanuit de Federatie Particulier Grondbezit aangewezen als lid van het bestuur van Stichting Landgoed Windesheim.
Zij zet zich bestuurlijk in en heeft zich bestuurlijk ingezet voor tal van organisaties. Op landelijk gebied: RvC Landgoed Den Treek-Henschoten N.V., RvC beleggingsmaatschappij Rhoon, Pendrecht en Cortgene B.V., Stichting IJsselvliedt, Landgoed Scholtenszathe B.V., Pachtkamer van de Rechtbank Overijssel. Op het gebied van erfgoed: Overijsselse Kastelen Stichting, Kasteel den Doornenburg, Stichting Huis Deelerwoud. Op het gebied van cultuur: RvT Introdans, RvT Museum de Fundatie. Op het gebied van de wetenschap: bestuurslid Prins Bernhard Leerstoel verbonden aan de Universiteit Utrecht.
Koos van der Wal
Koos is vanuit de SBNL aangewezen als lid van het bestuur van Stichting Landgoed Windesheim. Hij is bedrijfseconoom en registeraccountant. Totaal is hij 37 jaar werkzaam geweest in de controle- en adviespraktijk, waarvan 18,5 jaar als partner bij PwC in Amsterdam. Thans nog werkzaam voor diverse non-profit organisaties en
profit organisaties als commissaris, bestuurder en directeur. Tevens is hij bij een aantal ondernemingen betrokken als lid van de Raad van Advies en/of consultant. Koos heeft een bijzondere belangstelling voor organisaties, die zich bezig houden met cultureel erfgoed, zich inzetten voor het landelijk gebied vanuit de particuliere sector.
Freddy Kluiver
Freddy is sinds de oprichting bij de organisatie betrokken als penningmeester. Freddy is geboren in Schelle, is gehuwd en heeft samen met zijn echtgenote Marietje 3 kinderen. Hij is een kleine 40 jaar werkzaam geweest in de verzekeringsbranche bij zorgverzekeraar Zilveren Kruis. Freddy is betrokken bij de Hervormde Gemeente Windesheim en de Historische vereniging Windesheim. Freddy heeft affiniteit met dieren, platteland, historisch erfgoed en natuur.
Vorige bestuursleden
2008: interim bestuur bestond het eerste half jaar in 2018 uit mr A.C. Nysingh, oud-notaris te Goor en ds H. de Jong, predikant van Windesheim. De executeur testamentair was mr. D. Klein.
2008-2017: W.G. de Raad (vanuit de SBNL.)
Beloningsbeleid bestuur
Bestuursleden ontvangen voor de bestuursvergaderingen een vacatievergoeding. Deze vacatievergoeding is gebaseerd op een door de overheid vastgesteld maximum bedrag per formele vergadering in de orde van grootte van een belastbare vergoeding die van toepassing is voor alle instellingen met een ANBI-status. De overige tijd die in het landgoed wordt gestoken is onbezoldigd. Per jaar worden er afhankelijk van de diverse onderwerpen die binnen het landgoed spelen circa zes formele vergaderingen gehouden. Daarnaast is er gedurende het jaar regelmatig contact tussen het bestuur onderling en met de betrokken rentmeester over diverse projecten die onderhanden zijn met betrekking tot het landgoed.