Het bestuur heeft op grond van artikel 8 van de statuten op 21 november 2011 het besluit genomen tot instelling van een Raad van Advies teneinde het bestuur gedurende het jaar gevraagd en ongevraagd te adviseren over de uitvoering van het beheer. De Raad van Advies bestaat thans uit de volgende leden:
W. J. (Wicher) Aalberts
G. (Gertjan) de Blij
E.J. (Jan) van der Stege
Stichting maakt het mogelijk dat nazaten van de families, die ooit een stempel hebben gedrukt op het landgoed bij toerbeurt in de Raad van Advies zitting kunnen nemen. Het bestuur van de stichting is daartoe statutair niet verplicht, maar hecht eraan dat nazaten van deze families op deze manier een periode bij het beheer van landgoed Windesheim worden betrokken om daaraan hun bijdrage te kunnen leveren.
Op grond daarvan is thans drs M.H.R.W. (Maurits) baron van der Feltz lid van de Raad van Advies. Hij komt uit de tak De Vos van Steenwijk genaamd van Essen, door welke tak het landgoed in 1813 werd aangeschaft.
De plek voor de nazaat uit de periode Joachim baron van Plettenberg (geb. 1739) en zijn vrouw Cornelia Charlotte barones Feith is nog niet ingevuld. Dat echtpaar heeft rond 1789 de belangrijkste stempel op het huidige terrein gelegd.
Beloning leden van de Raad van Advies
De leden van de Raad van Advies zijn experts uit verschillende disciplines die het bestuur gevraagd en ongevraagd ter zijde staan. Zij ontvangen per dagdeel dat wordt besteed aan formele vergaderingen /bijeenkomsten ten behoeve van de stichting vacatiegeld dat in overeenstemming is met hetgeen bij ANBI stichtingen gebruikelijk is. De Raad van Advies komt 1 à 2 keer per jaar formeel bij elkaar.