Stichting Landgoed Windesheim wordt bestuurd door drie personen. De volgende drie instanties/instellingen hebben het recht een bestuurslid te benoemen:
- het bestuur van de vereniging Federatie Particulier Grondbezit, gevestigd te Zeist (www.grondbezit.nl)
- de kerkvoogdij van de Hervormde Gemeente Windesheim, gevestigd te Zwolle (www.hervormdwindesheim.nl)
- het bestuur van Stichting Behoud Natuur en Landelijk gebied, gevestigd te Amersfoort, kantoorhoudende Wijk bij Duurstede (www.sbnlnatuurfonds.nl)
Seger van Voorst tot Voorst
Seger is vanuit de Federatie Particulier Grondbezit aangewezen als lid van het bestuur van Stichting Landgoed Windesheim. Hij is sinds 2003 directeur-bestuurder van Stichting Het Nationale Park De Hoge Veluwe. In Overijssel is hij actief geweest als Statenlid voor het CDA en als bestuurslid voor het Overijssels Particulier Grondbezit. Tevens is hij als certificaathouder en commissaris betrokken bij B.V. Landgoed Den Alerdinck II.
Koos van der Wal
Koos is vanuit de SBNL aangewezen als lid van het bestuur van Stichting Landgoed Windesheim. Hij is bedrijfseconoom en registeraccountant. In totaal is hij 37 jaar werkzaam geweest in de controle- en adviespraktijk, waarvan 18,5 jaar als partner bij PwC in Amsterdam. Thans is hij nog werkzaam voor diverse non-profit- en profitorganisaties als commissaris, bestuurder en directeur. Tevens is hij bij een aantal ondernemingen betrokken als lid van de Raad van Advies en/of consultant. Koos heeft een bijzondere belangstelling voor organisaties die zich bezighouden met cultureel erfgoed en zich vanuit de particuliere sector inzetten voor het landelijk gebied.
Freddy Kluiver
Freddy is sinds de oprichting bij de organisatie betrokken als penningmeester. Freddy is geboren in Schelle, is gehuwd en heeft samen met zijn echtgenote Marietje drie kinderen. Hij is bijna 40 jaar werkzaam geweest in de verzekeringsbranche bij zorgverzekeraar Zilveren Kruis. Freddy is betrokken bij de Hervormde Gemeente Windesheim en de Historische Vereniging Windesheim. Freddy heeft affiniteit met dieren, het platteland, historisch erfgoed en natuur.