Het bombardement
Naast de drie ontwerpers en de opdrachtgevers die hun persoonlijk stempel drukten op de ontwikkeling van landgoed Windesheim, geldt de Tweede Wereldoorlog als een belangrijk moment in de geschiedenis van het landgoed. De vordering van het landhuis door de Duitse Wehrmacht in 1944 markeert een kantelpunt in de geschiedenis.
Het verzet gaf de Duitse bezetting door aan de geallieerden, die er geen gras over lieten groeien: al na een paar dagen vlogen enkele bommenwerpers naar het Zwolse kerkdorpje, waar ze hun explosieve last welgemikt lieten vallen. Goed bedoeld, maar mosterd na de maaltijd; de Duitsers waren de dag ervoor vertrokken. De wetenschap dat het bombardement geen doel heeft gediend maakt de nog aanwezige leegte tussen de gespaarde koets-/bouwhuizen voor het voormalige hoofdgebouw des te schrijnender.
Kort na de oorlog is overwogen het kasteel te herstellen, maar dat bleek onhaalbaar.
De resten van de muren zijn daarop omver gehaald, tot enkel de fundamenten overbleven die vandaag de dag via een brugplateau nog zichtbaar zijn.