Windesheim heeft, in samenhang met de IJsseluiterwaarden, goede potenties voor met name bos van rivierklei met bijbehorende ecologische kwaliteiten. Daarnaast heeft het terrein als historische buitenplaats ook landschappelijke en cultuurhistorische kwaliteiten. Al deze aspecten moeten in het bosbeheer worden geïntegreerd.
Windesheim vormt onderdeel van de robuuste verbindingszone tracé Hattem-Ommen. De bijbehorende natuurdoelen zijn: versterking van de oppervlakte bos vooral aan de zuidkant van het landgoed, struweel en onbemest hooi en grasland op klei. Lokaal worden moerassige laagten met poelen en riet ontwikkeld. Deze zaken hebben zeker een plek op het landgoed, echter met name buiten het historische deel.
In de beplanting in het historische landschapspark zijn de nodige verandering voorgesteld. De monumentale bomen uit de tijd van Husly en Springer, verdienen alle aandacht. Deze zijn zoveel mogelijk vrijgezet zodat deze nog eeuwen mee kunnen. Op bepaalde plekken is bos verwijderd om doorzichten te creëren, of dit te verwijderen waar het het beoogde beeld verstoord (dit is bijvoorbeeld in het noordelijk deel het geval met rododendron).
Door veel beuk weg te halen (opslag) ontstaat meer lichttoetreding; dit geeft betere groeikansen voor een rijke onderbegroeiing. Excessieve esdoornverjonging kan die ontwikkeling als een soort onkruid van het bos in de weg staan. Dit “onkruid” wordt in een driejaarscyclus onder de duim gehouden. Elk jaar wordt 1/3 aangepakt.
Verder wordt voorgesteld om plaatselijk beplanting terug te zetten (bijvoorbeeld taxus) waar deze is doorgeschoten. Op bepaalde plaatsen in het park wordt op enkele bijzondere plekken speciale in de zin van bloeiende / sierwaarde beplanting (heesters/vaste planten) voorgesteld, om deze plekken te accentueren.
Het bosbeeld in het landschapspark van landgoed Windesheim varieert nogal, onder andere als gevolg van beheeringrepen en bijvoorbeeld stormschade. Het verjongen van het bos is een zorgpunt en vraagt aparte aandacht. Door leiding van een expert is een bosverjongingsplan opgesteld en uitgevoerd. Bomen die niet aanslaan worden vervangen.
