Er wordt gestreefd naar een duurzame instandhouding van het bos, waarbij het landschappelijk karakter gehandhaafd blijft. De bossen worden duurzaam beheerd conform FSC-certificering en op basis van beheerplannen. In de beheerplannen worden de in stand te houden en te versterken waarden benoemd:
- Cultuurhistorische waarde: op het landgoed komen diverse lanenstructuren voor. Uit de structuur van lanen, slingerpaden, heuvels en waterpartijen is de aanleg van het landgoed in Engelse landschapsstijl goed herkenbaar. De afgelopen jaren zijn in het parkbos 150 nieuwe laanbomen geplant
- Ecologische waarde: het landgoed bestaat vrijwel geheel uit inheemse boomsoorten, met relatief veel monumentale bomen en dood hout. Een uitstekend biotoop voor verschillende bijzondere dier- en plantensoorten.
- Belevingswaarde: vanwege de variatie in bostypen, structuur en boomsoorten kan gesteld worden dat de belevingswaarde hoog is.
- Houtproductie: de groeiplaats en de aanwezige boomsoorten bieden goede kansen voor de productie van kwalitatief goed hout. De monocultuur populier is inmiddels vrijwel geheel omgevormd tot gemengde loofhoutpercelen.
Bosbouwperiode
De geschiedenis van het landgoed is nauw verbonden met de aanplant van bos. De opvattingen over bosaanplant en -beheer is in de loop der tijd aan verandering onderhevig geweest. Zeer waarschijnlijk heeft dit ook z’n invloed op de ontwikkeling van Windesheim gehad.