De afgelopen jaren is er een maatschappelijke discussie ontstaan over de omvang en de wijze waarop de landbouw wordt bedreven. Het bestuur van de Stichting is van mening dat het in het geval van landgoed Windesheim vanuit economisch en cultuur-historisch oogpunt gewenst is om reguliere landbouwkundige activiteiten op het landgoed te behouden en te versterken, met name in het eeuwenoude uitgestrekte polderlandschap dat daarvoor bij uitstek geschikt is.
Naast reguliere landbouw krijgt ook het aspect “biologische landbouw” en kringlooplandbouw de aandacht, daar waar dat past.
De zes landbouwbedrijven gelegen op eigendommen van de stichting, zijn deels in pacht en in erfpacht uitgegeven. Erfpacht is een gebruikelijke wijze van uitgifte van grond en opstallen op landgoederen. Enerzijds gaat daarmee een deel van de beschikkingsmacht van de stichting over op de erfpachter. Anderzijds gaan ook de lasten van het onderhoud over op erfpachter en worden deze niet langer gedragen door de stichting.
Tevens worden losse percelen landbouwgrond zonder erf en opstallen verpacht aan 12 landbouwers. De Stichting faciliteert zo mogelijk de landbouwbedrijven (melk- en rundveebedrijven) die gebruik maken van de eigendommen van de stichting t.b.v. een gezonde en vernieuwende bedrijfsvoering.
Zo werkt het bestuur waar nodig mee aan bijvoorbeeld het vernieuwen van bedrijfsopstallen van de initiatiefnemende erfpachter, tenminste als dat naar het oordeel van het bestuur niet strijdig is met de uitgangspunten van het vigerende beleidsplan, het past binnen de verschillende functies die een landgoed eigen zijn, en het zoveel als mogelijk landschappelijk inpasbaar is (door bijvoorbeeld gezichtsonttrekking door beplanting).
Het bestuur tracht de (onderlinge) verkavelingssituatie van de (erf)pachters te verbeteren. Het verwerven of ruilen van vrijkomende aangrenzend gelegen gronden kan daaraan bijdragen. In de praktijk gebeurt dat ook en op dit moment zijn enkele opties in beeld. In april 2021 is besloten een belangrijke regionale kavelruil te formaliseren tussen Landgoed Windesheim, Staatsbosbeheer, Stichting IJssellandschap, Natuurmonumenten en ASR. Voor het landgoed resulteert dit in een inbreng van circa 11 hectare landbouwgrond, en deels water en rietland en een toedeling van circa 70 hectare natuur- en landbouwgrond, geheel aangrenzend gelegen aan de eigendommen van het landgoed.
Pachtgronden die vrijkomen wordt door het bestuur van de Stichting in samenspraak met de rentmeester bepaald aan wie de grond opnieuw in pacht wordt uitgegeven, waarbij zittende pachters zoveel als mogelijk voorrang krijgen. Het streven bij verpachting is gericht op continuïteit en duurzaam gebruik. Het bestuur is bereid mee te denken met de verwezenlijking van een energie-neutrale bedrijfsvoering.