Windesheim kent een eigen watersysteem. De waterstructuur is de meest duurzame planlaag en behoeft in structurele zin de minste verandering.
De opzet en het verloop van de waterpartijen is nog vrijwel gaaf en daarmee historisch bijzonder waardevol. Voorgesteld wordt de waterlopen uit te baggeren, de oorspronkelijke vormen zoveel mogelijk te reconstrueren -strak begrensd- en de watergangen vrij te maken van rietbeplanting. Het verbeteren van de waterkwaliteit is een zorgpunt en vraagt aparte aandacht in relatie tot het beheer en achterstallig onderhoud (baggeren). Doel is daarbij niet alleen het beoogd beeld te bereiken met in het oog springende waterpartijen als cruciaal onderdeel van het parkbeeld, maar tegelijkertijd ook het verbeteren van de doorstroming en daarmee de waterkwaliteit.
